みなさん，こんにちは。
シンノユウキ（shinno1993）です。
以前の記事で「NutrienTrackeR」という，USDAなどの食品成分表を利用できるRのパッケージを紹介しました．
食品の栄養価計算や，食事ガイドラインに合わせた栄養評価が行える便利なパッケージでした．
ただし，残念なことに日本の食品成分表は含まれていません．
そこで，公表されている日本食品標準成分表を利用し，Rでもそれを使えるように基本的な関数とともに公開しました．
今回はそれを紹介したいと思います．
パッケージの使い方
パッケージは，Githubに公開しています．
これをダウンロードし，使っていきます．
devtoolsというライブラリを使用しすると便利です．以下のコードでダウンロード・インストールをします．
library(devtools)
install_github("yuki-shinno/FoodCompositionJapan", force=TRUE)
library(FoodCompositionJapan)
これで日本食品標準成分表が使えるようになります．
なお，「関数なんかいらない！食品標準成分表だけ欲しい！」って方は，こちらからデータのみダウンロードされると良いかと思います．
加えて，まだパッケージとして体裁が整っていないため，CRAN経由ではダウンロードできません．おいおい，対応できればなと思っています．
日本食品標準成分表について
では，さっそく食品標準成分表を使ってみましょう．以下のコードを実行するとfood_compositionに日本食品標準成分表のデータが代入されます：
data("food_composition")
試しに，少し開いてみます：
このような形で入力されています．
Rで日本語の文字列(2バイト文字)を扱うのは賢明でないので，英語版の日本食品標準成分表のデータを利用しています．
なお，こちらの食品標準成分表は追補には対応していません．また，Trや推定値なども全て通常の値に変換してあります．それらの点をお含みおきの上，ご利用ください．
基本的な関数
いくつか関数を作成しました．
これも，パッケージをインストールすると使えるようになります．
getNutrientNames()：栄養素名を取得する
栄養素名の一覧を取得する関数です．以下のように使用します：
nutrient_names <- getNutrientNames()
以下のベクトルが返されます：
> print(nutrient_names) [1] "Refuse (%)" [2] "Energy (kcal)" [3] "Energy (kJ)" ・・・ [61] "Cooking oil (g)" [62] "Organic acids, total (g)" [63] "Yield (%)"
全部で63の栄養素項目が含まれます．他の関数で栄養素名を利用することがありますので，その際などに参照してください．
getFoodGroups()：食品群一覧を取得する
食品群の一覧を取得する関数です．以下のように使用します：
food_groups <- getFoodGroups()
実行すると18の食品群の含まれたベクトルが返されます：
> print(food_groups) [1] "1 Cereals" "2 Potatoes and starches" [3] "3 Sugars and sweeteners" "4 Pulses" [5] "5 Nuts and seeds" "6 Vegetables" [7] "7 Fruits" "8 Mushrooms" [9] "9 Algae" "10 Fish, mollusks and crustaceans" [11] "11 Meat" "12 Eggs" [13] "13 Milk and milk products" "14 Fats and oils" [15] "15 Confectionaries" "16 Beverages" [17] "17 Seasonings and spices" "18 Prepared foods"
この食品群も，他の関数で利用する事があるかと思いますので，その際に参照してください．
findFood()：食品を検索する
食品を検索する関数です．以下のように使用します：
ret <- findFood( keyword = "oil", food_group = "14 Fats and oils" )
- keyword：検索したい食品名を指定します．
"oil"のように文字列で指定してください．検索は部分一致で行われます． - food_group：検索したい食品群を指定します．デフォルトでは
NULLなので全ての食品群から検索します．"14 Fats and oils"のように食品群名で指定してください．食品群名の一覧はgetFoodGroup()で取得できますので参照してください．
結果は以下のようにマトリックス形式で返ってきます：
食品名が知りたい場合は以下のように食品名にアクセスします：
> food_names <- ret$food_and_description > print(food_names) [1] "Linseed oil［*Syn. Flaxseed oil］" "Perilla oil" [3] "Olive oil" "Sesame oil" [5] "Rice bran oil" "Safflower oil, high oleic" [7] "Safflower oil, high linoleic" "Soybean oil" [9] "Vegetable oil, blend" "Corn oil" [11] "Rapeseed oil" "Palm oil" [13] "Palm kernel oil" "Sunflower oil, high linoleic" [15] "Sunflower oil, mid0oleic" "Sunflower oil, high oleic" [17] "Grape seed oil" "Cottonseed oil" [19] "Coconut oil" "Peanut oil"
subsetFoodRichIn()：栄養素量の多い食品を抽出する
栄養素含有量の多い食品を抽出する関数です．以下のように使用します：
subset_drink <- subsetFoodRichIn( nutrient_name = 'Carbohydrate, total, calculated by difference (g)', food_group = "16 Beverages", n = 10 )
- nutrient_name：栄養素名を指定します．
'Carbohydrate, total, calculated by difference (g)'のように文字列で指定してください．なお，栄養名一覧はgetNutrientNames()で取得できますので参照してください． - food_group：検索したい食品群を指定します．デフォルトでは
NULLなので全ての食品群から検索します．"16 Beverages"のように食品群名で指定してください．食品群名の一覧はgetFoodGroup()で取得できますので参照してください． - n：取得したい食品の数を指定します．デフォルトでは
10です．整数で指定してください．
実行すると，以下のようなマトリックスが得られます：
もし，食品名と栄養素名の一覧のみを表示したいのであれば，以下のようにします：
col_list = c('food_and_description','Carbohydrate, total, calculated by difference (g)')
select <- subset_drink[, col_list]
まとめ
今回はRで日本の食品標準成分表が使えるようになるパッケージの紹介をしました．まだまだ機能が不足しているところがあるので，また機能の追加などをしていきたいと思います．加えて，パッケージとしての体裁(ドキュメントなど)も整っていないので，それを行えるようにしたいと思います．
連載目次
- R言語で日本食品標準成分表を使えるパッケージを作成しました現在のページ
- 【機能追加】R言語 × 日本食品標準成分表に栄養計算機能を追加しました
- 【機能追加】R言語 × 日本食品標準成分表に食事データ作成に便利な関数を追加しました